طبقه طب دارالفنون قریب به ده سال بعد از فعالیتش، شاهد پرجنجال‌ترین جدال‌ها و کشمکش‌ها، بین اطبای سنتی و طبیبان تربیّت شده در مکتب اروپایی بود. طب ایرانی به عنوان طب سنتی، از مشروعیّت کاملی نزد توده مردم برخوردار بود و اطبای سنتی دربار که لقب «حکیمباشی» داشتند، مقام شامخی در دستگاه سلطنتی داشتند(میر، ۱۳۸۳: ۱۶۷).
طب سنتی در بدو تاسیس دارالفنون، همپایه طب غربی برای مدّت کوتاهی، تدریس می‌شد ولی بعداً کاملاً از برنامه تدریس حذف شد. این اتّفاق پس از فوت میرزا ابوالقاسم نائینی معروف به سلطان الحکماء معلّم طب ایرانی در سال ۱۳۲۲ق.، اتّفاق افتاد(حفیظی، ۱۳۳۲: ۵۶).
می‌دانیم که شاهان و شاهزادگان قاجار از زمان فتحعلیشاه، پزشکان خارجی داشتند و عباس میرزا نایب السلطنه، طب اروپایی را به عنوان ابزار مهمی در راه بهبود بخشیدن به وضع دفاعی ایران، به کار گرفت. دو طبیب انگلیسی را به این منظور و برای نظارت بر سلامتی خود و افراد نظامی‌اش، اجیر کرد و حاجی بابای افشار را برای فراگرفتن طب، به انگلستان گسیل داشت که پس از پایان تحصیلات، به تهران بازگشت و به کار طبابت پرداخت. در آن زمان مختصر زمزمه‌های مخالفت به گوش می‌رسید و عباس میرزا برای مشروعیّت دادن به طب اروپایی، دستور داد دو کتاب طبی انگلیسی را به فارسی ترجمه و چاپ کنند تا اطبای سنتی با آن آشنا شوند (زعفرانلو، ۱۳۵۴: ۲۰۳).
ناصرالدّین شاه در دوران سلطنت خود، به نوبت بیش از پنج طبیب اروپایی برای خود و دربارش استخدام کرد. در این دوران استخدام اطبای خارجی چیزی از حرمت اطبای سنتی نمی‌کاست. حکیم باشی‌ها و طبیبان خارجی همپایه یکدیگر برای سلامت شاه و شاهزادگان کوشش می کردند.
جدال و کشمکش، زمانی آغاز شد که عدّه طبیبانی که مکتب اروپایی را تجربه کرده و آموخته بودند، به حدّی رسید که بیم آن می‌رفت که حکیم باشی‌ها را به حاشیه نشینی سوق دهند. اطبای سنتی نه تنها به طب اروپایی عقیده نداشتند، بلکه آن را مضّر به حال مردم مسلمان ایران می‌دانستند. مردم نیز به دو دسته غیرمساوی تقسیم شدند؛ متجدّدین و روشنفکران که عدّه قلیلی بودند مدافع طب اروپایی شدند و عامه مردم که جمع کثیری را تشکیل می‌دادند، طب سنتی را مرجّح می‌دانستند. اطبای سنتی به چاپ و نشر رساله‌هایی دست زدند که مردم را از تبعیّت از طب اروپایی، که عنوان ضد مذهبی نیز به آن دادند، بر حذر می‌داشت. سر دسته اینان « حاج میرزا بابای شیرازی» ملقب به « ملک الاطباء» از پزشکان دوران فتحعلیشاه، محمّدشاه و ناصرالدین شاه بود که تألیفاتی به زبان عربی داشت و به خصوص رساله‌ای به نام «جوهریه» که در آن پزشکی غربی را تکذیب می‌کند، از آن اوست. در این رساله و رسالات مشابه دیگر که در این راستا یعنی مقابله با طب جدید، در آن زمان به رشته تحریر درآمد، حملات شدیدی علیه این شیوه پزشکی بخصوص علیه کالبدشکافی و تشریح شده است که از نظر شرع اسلام، ممنوع بود و اجرای آن، با تکفیر روبرو می‌شد (همان، ۲۰۴).
کالبد شکافی در طب اروپایی، ممنوعیّتی نداشت ولی این محدودیّت نقص آشکاری برای طب ایران محسوب می‌شد و اوّلین معلّمان اروپایی در ایران به علّت این نقیصه، تدریس خود را نارسا و ناقص توصیف کرده‌اند (پولاک، ۱۳۶۸: ۲۱۱).
طب سنتی در مقابل پیشرفت سریع طب اروپایی، به رخوت و رکود محکوم بود. ترمینولوژی و لغت‌بندی طب اروپایی، روز به روز از وسعت و دقّت بیشتری برخوردار می‌شد در صورتی که اصطلاحات و عبارات رایج در طب سنتی از مفهوم دقیقی که پایه علمی داشته باشد، برخوردار نبود (میر، ۱۶۹).
دکتر پولاک اوّلین معلّم اروپایی در دارالفنون که خواندن و نوشتن فارسی را فراگرفته بود، با زیر و رو کردن کتب سنتی، کوشش کرد که اصطلاحات و عبارات طبی، به زبان فارسی بیابد که پاسخگوی اصطلاحات اروپایی باشد که در این راه با شکست روبرو شد. او ناچار در کتابهای خود از اصطلاحات فرانسوی استفاده کرده است (پولاک، ۱۳۶۸: ۲۱۰).
این گونه واقعیّات، نارسایی نسبی زبان فارسی را برای نگارش مسائل طبی، بیشتر بر ملا می‌ساخت. به هر حال گذشت زمان، برتری طب غربی را بر طب سنتی، مسلم ساخت و طب سنتی به تدریج به گنجینه تاریخی طب قدیم ایران پیوست.
* دانش آموخته دکترای تاریخ علم، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی