با وجود استخدام معلمین خارجی و راهنمایی که به عمل آمد، با این حال، بر اثر نابسامانی وضعیت سیاسی و اجتماعی ایران در انقلاب مشروطیت و فقر اقتصادی و از هم گسیختگی امور کشور، مدرسه طب چندین سال سیر نزولی خود را می پیمود و حتی با وجودی که وزارت معارف به کمک مسیو « لاتس » به منظور اصلاح دارالفنون و تأسیس کلاس برای تربیت معلمین ابتدایی ( دانشسرای مقدماتی) لایحه تهیه کرد و در آن پیش بینی شده بود که شعبه دارالفنون به تدریج تکمیل و تبدیل به فکولته ( دانشکده یا مدرسه مستقل ) مستقل شود و شعبه متوسطه طوری کامل گردد که فارغ التحصیل های آن برابری با شلیه های فرهنگستان بنمایند و بتوانند در مدارس عالی اروپا پذیرفته شوند ولی چون اجرای این لایحه مستلزم سالی ۷ هزار تومان هزینه بود ( ۳ هزار تومان برای مدرسه طب و ۴ هزار تومان برای قسمتهای دیگر)، اصولاً هیئت دولت با تقدیم آن به مجلس شورای ملی از نظر کمبود بودجه موافقت ننمود (منصورالسلطنه، ۱۳۲۹: ۱۵).
تنها قدم موثری که در خلال این احوال برداشته شد تصویب قانون اساسی معارف مصوب سال ۱۲۹۰ و قانون تجارت مصوب ۱۱ خرداد همان سال در دوره دوم مجلس می باشد که نایب السلطنه ناصرالملک آن را توشیح کرده است. این قانون به همت تعدادی از پزشکان تحصیلکرده و فرنگ‌رفتگان از جمله دکتر « حکیم اعظم» و مرحوم « دکتر لسان» و آقای دکتر « امیر اعلم» که جزو نمایندگان مجلس شورای ملی بوده اند تنظیم و تصویب گردید و دو سال بعد در زمان وزارت معارف آقای « ابراهیم حکیمی» که تازه به مرحله اجرا درآمده بود، جنگ اول جهانی شروع شد (۱۲۹۳) و اوضاع خراب، ایران را خراب تر کرد.
به موجب ماده ۱ و ۲ و ۱۱ این قانون، اشتغال به کلیه فنون طبابت مستلزم داشتن اجازه نامه رسمی از وزارت معارف گردید و در مورد پزشکان مجاز صورت استثنائی داشت. فقط تصدیق نامه های مدارس طبی دولتی داخلی و خارجی رسمی شناخته شده و به صاحبان آنان ممکن بود اجازه نامه طبابت داده شود و استخدام پزشکان در دستگاه دولت نیز مستلزم داشتن پروانه طبابت گردید. بنابر این پس از تصویب این قانون هر کس می‌خواست طبیب شود ناگزیر از رفتن به مدرسه بود در نتیجه با اجرای قانون مصوب استخدامی، رونق مدرسه با ازدیاد داوطلب افزون گردید (حفیظی، ۱۳۳۲: ۶۶).
امیر محمدی، دانش آموخته دکترای تاریخ علم، پژوهشگاه علوم انسانی و مطالعات فرهنگی